负责水路运输市场准入审批、船舶检验、船舶与船员管理、通航秩序管理、危险货物监管、船舶防污管理、水上水下施工作业与港口及岸线管理、乡镇客渡码头建设管理、水路交通规费稽征、水上交通行政执法、海损事故调查处理等。