协助主管部门编制和实施运河流域的总体规划、项目规划和年度计划；统筹实施运河流域内综合整治相关项目的建设，包括截污、清淤、活源、治堤等；负责运河河道防汛工作；负责辖区内水务工程设施和水域岸线配套设施的安全、巡查、运行调度、维护加固和日常管理；与广东粤港供水有限公司协调东深沿线各镇供水用水;负责运河水资源的管理和保护，配合市水政监察支队依法查处侵占管理范围内水土资源和破坏工程设施等有关水事违法行为;负责流域内水文、水质的监测；协助组织所辖流域内河道沿线水务工程建设项目的技术审查。