主要承担疾病预防与控制，突发公共卫生事件相关应急处置，疫情及健康相关因素信息管理，指导系统内医疗卫生机构疾病预防控制工作开展并进行质量控制，开展相关实验室检验检测及卫生学评价，公共卫生、医疗卫生和计划生育执法监督等工作职能。