依托两岸清华大学技术、人才，充分发挥三方优势，服务于加快海峡西岸经济区和一带一路核心区建设的国家战略，连接、整合海峡两岸科技、教育和文化资源，面向国际竞争，以两岸经济社会发展需求为导向，在信息技术、先进制造、新能源与新材料、生物医药、生态环境、金融等若干学科领域设立实验室、研究中心、博士后工作站、创新创业孵化基地、智库机构、文化交流和继续教育机构等，打造创新创业生态圈。支持福建省及厦门市快速发展，促进海峡两岸融合，促进福建自贸区的发展，努力将研究院建成国际一流的科技创新、高技术产业化和人才培养基地。应用技术开发和产品研发、科技成果转化、技术服务、高端人才培养、国际技术转移、国内外技术交流、科技企业孵化、创业投资、科技与金融结合、引进高科技企业和培育上市公司等。在信息技术、先进制造、新能源与新材料、生物医药、生态环境、金融等若干学科领域设立实验室、研究中心、博士后工作站、创新创业孵化基地、智库机构、文化交流和继续教育机构等。