承担海关实验室检测、隔离检疫、化验鉴定、研究咨询与检疫风险分析；承担科研与技术开发、服务；开展检验、检疫、化验、鉴定方法标准及技术规范的制修订；承担委托和非法定检验、检疫、化验、鉴定的检测；承担出入境人员传染病监测、健康体检、旅行预防接种、卫生保健咨询、医疗保健门诊、卫生检疫技术科研开发与技术服务；承担济宁口岸卫生检疫技术保障和支持；承担济宁海关机关后勤保障；管理所属经营服务、卫生除害处理等单位。