坚持把铸牢中华民族共同体意识作为蒙医药工作的主线，贯穿于蒙医、蒙药发掘保护、蒙医蒙药资源应用与开发研究及自身建设等全过程各方面。为人民群众提供医疗、疾病预防、健康教育等医疗和公共卫生服务；承担继续医学教育。承担蒙医药科研任务；开展临床医学和基础医学研究；承担涉外医疗服务和旗内重大活动医疗服务保障任务；支援苏木镇、嘎查基层医疗卫生机构，承担公共事件的医疗卫生应急救援。