为生态环境保护提供科技支撑与技术服务。流域生态环境科学研究和政策、法律、法规、标准、技术规范编制流域生态环境规划、水功能区划、生态补偿方案研究与编制流域水功能区区划及污染管控单元划分研究与进行指导流域纳污能力核定测算和编制限制排污总量意见、省（区）相关方案审查技术工作生态环境承载力、环境污染治理、生态流量（水量）、面源污染相关基础应用研究河（湖）生态空间管控、生态流量管控、自然保护地保护监督技术支撑流域生态保护与修复治理技术、生态环境应急处理技术、生态环境保护设备材料等领域的研发、集成、转化和推广应用国际科学技术合作与交流、生态环境培训生态环境技术支持与技术咨询服务