负责对市卫生局管辖的政府举办公立基层医疗卫生机构资金的管理和会计业务的集中结算、核算，监督各单位的财务预算执行情况和收支情况；在预算管理权、资金所有权、资金使用权、财务审批权不变的原则下，以医疗卫生单位为独立的综合会计核算单位，由结算中心对各医疗卫生单位财务实行“五统一”（统一财务管理、统一会计核算、统一资金管理、统一票据管理和统一档案保管），直接对各基层医疗卫生机构的收支进行监督管理；负责对市卫生局管辖的政府举办的公立基层医疗卫生机构的基本建设小工程项目报批、预算审核、跟踪监督、工程结算等程序的办理；承办市卫生局和财政部门交办的其他事项。