晋城市农业综合行政执法队以晋城市农业农村局的名义，依法统一行使兽医兽药、饲料及饲料添加剂、动物卫生监督、种畜禽、畜禽屠宰、农作物种子、化肥、农药、农机、渔政、农畜产品质量安全、农业转基因生物安全、植物检疫、农业野生植物保护、水生野生动物保护等的行政处罚以及与行政处罚相关的行政检查、行政强制等执法职能。