承担昆明关区的法定检验检疫业务与检验检疫风险分析任务，为海关执法把关提供技术支撑和保障；负责对隶属海关技术中心提供业务指导及技术咨询；承担有关科研课题，检验检疫技术方法研究、开发，标准制定、修订工作；按照有关规定，提供社会委托检验和鉴定；承接隶属海关委托检测工作；提供检验检疫技术咨询、培训与服务，开展国内外检验检疫相关技术交流；负责自身组织建设和队伍建设，承担聘用制员工及劳务派遣员工的招录用、解聘、日常管理考核等工作；对昆明关区检疫处理工作进行技术培训和业务指导，开展检疫处理技术创新和科研工作；开展卫生处理、除害处理及消毒处理等业务；为昆明海关干部职工提供相关后勤服务保障及配套服务工作；承办昆明海关交办的其他工作。