负责贯彻执行国家和省市有关航道的方针、政策、法律、法规，参与编制并执行全市航道、船闸建设养护计划；负责南京市域内航道（不含长江）、交通运输部门所属通航船闸的养护和改扩建，船舶过闸费征收等工作；承担全市航道绿色发展、网络安全、信息化以及行业统筹等工作；承担航道、船闸基础设置的应急安全工作；完成市交通局交办的其他任务。