加强琼州海峡轮渡运输管理，维护水路运输正常秩序。负责琼州海峡轮渡运输力投放的管理；协调、处理港航之间从事琼州海峡轮渡运输中的纠纷；组织、指导港航企业做好车船衔接、疏运工作；查处各种违反海峡运输市场管理规定的违章行为。