保护区域内湿地、野生动植物资源，维护生态平衡。保护青格达湖湿地自然保护区生态系统，开展珍稀鸟类和其它野生动植物物种拯救与保护研究　水土保持与生态平衡研究　鸟类等野生动物疫源疫病监测等工作，履行《中华人民共和国自然保护区条例》赋予的其它职能。