承担水运结构调整、港航物流发展、航道建设和养护、船舶（渔船）检验、安全管理、交通战备、水上服务区（锚泊区）和通航船闸管理等工作。承担许可、危货港口建设安全审核、行业转型发展、水运监测、统计分析、信用管理、法治建设、节能减排和防治船舶污染等辅助工作