为国家南水北调工程的部署和决策服务，提供管理和技术咨询服务。负责全市南水北调工程规划、设计的前期准备，承担南水北调工程的建设管理工作以及征地搬迁、移民安置的组织协调；承担市管南水北调工程的运行管理工作；承担市管尾水导流及资源化利用工程的运行管理工作，指导县（市）区尾水导流相关工程的运行管理；配合做好全市南水北调水质保障工作，协助做好南水北调用水管理；协助做好全市南水北调工程基本水费收缴。