开展生物医药领域的基础和应用研究、临床及转化研究、公共卫生研究；承担医学科技人才引进、教育和培养工作；受市政府委托，管理深圳市医学研究专项资金，资助深圳医学科学院外的生物医药领域的相关研究等；建立医学科学研究公共服务平台，促进全市医学领域研究资源协同、合作与共享；组织开展医学科技成果转化，促进医学科技成果推广应用；组织开展境内外高水平医学科学研究合作、交流与培训；为市政府及有关单位制定医学科学相关政策提供专业支持；完成市政府交办的其他任务。