承担扬子鳄保护的职责。承担保护区建设规划编制技术工作，并组织实施；承担保护区各项制度的制订及日常管理工作；承担环境监测、保护自然保护区内的陆地及水域的生态环境和野生动植物、扬子鳄种质资源技术支撑工作；承担自然保护区的科学研究及学术交流技术工作；开展自然保护区的宣传教育工作；承担自然保护区内违法行为查处的行政辅助工作；参与保护区内建设项目环评审批和项目竣工验收工作。（涉及资质许可项目需持有资质证书开展）