负责凉山州疾病预防控制、监测检测；负责传染病、重大传染疾病的诊疗、临床救治和保障储备；负责全州各级医疗、疾控机构以艾滋病为主的重大传染病及新突发传染病的防治指导培训、科研教学；负责全州人民群众健康宣传教育等职责；负责监测预警体系的建设和运维。