承担全市南水北调后续工程前期设计、建设与管理工作；负责南水北调后续工程征迁安置、环境协调等工作；承担南水北调总干渠防讯、度讯工作，负责南水北调配套工程防汛工作；承担南水北调配套工程运行管理、维护等具体工作；承担南水北调水费征缴、使用与管理等辅助性工作；负责实施南水北调受水区年度水量调度计划实施工作；承担南水北调配套工程供用水和设施保护工作；负责南水北调配套工程水质采集、检测和保护等工作；完成市水利局交办的其他任务。