负责传染病、寄生虫病等预防与控制；突发公共卫生事件和灾害疫情应急处置；疫情及健康相关因素信息管理，疾病监测；健康危害因素监测与干预；病原生物检测、化学因子检测；健康教育和健康促进；疾控技术培训、管理，医防融合研究；协助做好健康温州建设的考核评价和监测评估；承担全市卫生监督执法工作的指导、稽查。