运用传统和现代科学方法，开展中医药基础理论及发展战略研究；合理开发西南地区动植物药资源，进行川产道地药材、民族医药、创新中药、中药保健品及食品的开发研究；开展分析测试、中药品质评价和标准化研究；进行中医药防治常见病、多发病及重大疾病的临床研究；开展中医药学术交流、咨询服务、科技成果转让、人才培训；管理中医药学术团体；公开出版发行中医药学术期刊；研发科研试制样品、实验动物等。