医院设蒙医科、中医科、西医科、蒙医特色专科、药剂科、功能科、护理部、后勤科等八个科室，其中蒙医特色专科包括药浴、五疗室、骨关节病门诊、布病门诊、呼消病门诊专科内容。以传统蒙医蒙药特色为优势，发展专科专病建设，抢救蒙医药的疗法和配制秘方，提高蒙医药的科技含量，使祖国传统医学这块瑰宝得以发扬光大。