为昆明海关执法提供卫生检疫技术支撑保障服务，承担传染病监测检测、医学媒介生物监测鉴定任务，开展出入境人员传染病监测健康体检、预防接种、健康咨询国际旅行卫生保健工作，对各隶属海关保健分中心进行业务指导；开展卫生检疫技术研发与技术服务；承接个人和政府机关、企事业单位、社会团体及其他机构的委托，提供相关医疗卫生保健服务；为昆明海关干部职工提供医疗服务、健康咨询、康养服务、相关后勤服务保障及配套服务；承接关区范围内保健中心相关工作业务教育培训；负责自身组织建设和队伍建设，承担聘用制员工及劳务派遣员工的招录用、解聘、日常管理考核等工作；对昆明关区检疫处理工作进行技术培训和业务指导，开展检疫处理技术创新和科研工作；开展卫生处理、除害处理及消毒处理业务。