市生态环境综合执法支队的主要职责：监督检查所辖区域内生态环境保护法律法规执行情况，负责市级执法事项，依法查处跨县（市，区）的生态环境违法行为，协调处理本市重大生态环境问题；依法开展污染防治、生态保护、核与辐射安全等方面的日常监督检查；承担所辖区域内执法业务指导组织协调、岗位培训、监督检查等。